Если у вас на сервере стоит панель ISP manager и туда по умолчанию поставился старый PhpMyAdmin, то обновить его можно следующим способом:

1. Зайдите в панель ISP manager под пользователем root и перейдите в раздел

. Удалите старый PhpMyAdmin.

2. Зайдите на сервер по SSH (например через Putty) и выполните следующие команды

Первая команда добавит новый репозиторий, остальные обновят кэш программ.

3. Снова зайдите в панель, в раздел Возможности, и установите PhpMyAdmin. Перед установкой он спросит какую версию ставить, выбирайте самую последнюю.

Источник:
http://i-leon.ru/%D0%BE%D0%B1%D0%BD%D0%BE%D0%B2%D0%BB%D0%B5%D0%BD%D0%B8%D0%B5-phpmyadmin-%D0%B2-ispmanager-%D0%BD%D0%B0-centos/